総合試験所（昭和14年10月開設）→ 総合研究機構に改組（平成14年1月）
水環境制御研究センター（平成12年4月開設）→水環境工学研究センターに改組（令和元年7月）
量子相エレクトロニクス研究センター（平成13年4月開設）
エネルギー・資源フロンティアセンター（平成20年4月開設）
光量子科学研究センター（平成22年4月開設）
国際工学教育推進機構（平成23年4月開設）
医療福祉工学開発評価研究センター（平成24年4月開設）
レジリエンス工学研究センター（平成25年4月開設）
スピントロニクス学術連携研究教育センター（平成28年4月開設）
人工物工学研究センター（平成31年4月開設）
システムデザイン研究センター（令和元年10月開設）
キャンパス・マネジメント研究センター（令和3年4月開設）
ナノシステム集積センター（令和4年4月開設）