工学系研究科では、教授会のほかに専攻長会議、研究科長の補佐機関としての運営会議、企画立案を行う企画委員会を設け、効率的な運営と円滑な意思決定が行えるようにするともに、外部委員から構成される運営諮問会議を設置して、学外の有識者から評価・助言を頂いています。運営会議は、研究科長、副研究科長３名、研究科長特別補佐４名、事務部長及び研究科長が必要と認める教授若干名で構成され、研究科長のリーダーシップのもとに、研究科長の業務を補佐しています。企画委員会は工学系研究科の研究組織に関する将来計画の立案などを担当し、研究科長の責任ある意思決定と実行を支援しています。また、平成22年度より、学内外の教育と研究に関する学術関連情報の収集と、その情報に対する研究科の対応等を行うために、学術調整室（現 学術戦略室）を設置しました。
工学系研究科の主要な委員会としては、大学院の教育や博士論文審査に関する審議を主務とする常務委員会をはじめとして、教育問題検討委員会、時間割委員会、学生委員会、工学・情報理工学図書館運営委員会、財務委員会、国際交流委員会などがあります。また、防災及び環境問題に関して環境安全管理室を設置し、教育・研究活動が安全かつ円滑に遂行されるよう取り組んでいるほか、ネットワークの運営・管理や情報システムの研究・開発を目的とした情報システム室、広報活動やホームページの企画・管理を行う広報室などがあります。
そのほか平成23年度に設置した国際工学教育推進機構のもと、バイリンガルキャンパス推進や工学教程編纂を行うなど、世界リーディング大学に見合う国際求心力強化を目指しています。